La historia comienza con Shintaro, un hikikomori que lleva cerca de dos años encerrado en su habitación conviviendo con un extraño programa llamado Ene, quien vive en su computadora. Un día, Shintaro daña el teclado de su computadora y, tras no poder comprar uno nuevo por Internet, decide salir de su casa por primera vez en dos años.
Tras una explosión en el centro comercial, Shintaro, no enterado de qué sucede, es agarrado y posteriormente atado por un hombre, para enterarse que está involucrado en un ataque terrorista. Víctima del pánico, Shintaro es alentado por Ene (quien va en su teléfono móvil) y junto con otros rehenes conoce a Kano.
Después de que una bala haya rozado su cuerpo, Shintaro logra ver a Kido, Kano, Mary y Momo, para después perder la consciencia. Despierta en un lugar donde viven unas personas que se hacen llamar Mekakushi-Dan, que incluyen a su hermana Momo. Esta última explica cómo llegó a formar parte del grupo.
Momo cuenta cómo conoció a Kido y, en consecuencia, a Kano, Seto y Mary. Tras el encuentro con ellos y la renuncia de Momo a su empleo como idol, el Mekakushi-Dan se dirige al centro comercial a comprar un nuevo teléfono móvil para Momo, donde esta ve a Shintaro, su hermano mayor.
El Mekakushi-Dan se encuentra con Shintaro, y Momo les explica que su hermano no ha salido de la casa en años lo que justifica su comportamiento extraño. Después, Momo encuentra una bomba en un rincón del centro, pero explota antes de que pueda avisarle a Kido.
Para el festival cultural de la escuela, Takane, Haruka y el maestro Tateyama deciden hacer juntos un videojuego de disparos que Haruka ilustrará, el maestro programará y en el que Takane será la principal oponente, puesto que quedó en segundo lugar nacional en un torneo previamente.
Haruka ya está interesado en los juegos de disparos, después de la actuación de Takane, y aspira a participar en los torneos. En un momento dado, Haruka y Takane están discutiendo nombres y Haruka se da cuenta de quede Takane se nombra a sí misma con las letras de su nombre y apellido, y de igual forma se nombra Konoha.
Takane entra al Kagerou Daze y, tras ser poseída por la serpiente de "Abrir los ojos", se convierte en Ene. La historia vuelve al presente y Ene con el Mekakushi-Dan van de paseo, hasta que se encuentran con Konoha, a quien Ene reconoce inmediatamente.
Konoha se acerca al Mekakushi-Dan y con un arma de fuego asesina a Kano, Seto y Kido; destruye el teléfono móvil en el que Ene estaba. Momo contiene a Marry mientras ambas lloran, Shintaro intercede y reconoce el parecido entre el asesino y Haruka. Shintaro tiene un sueño con Ayano, pero al despertar, tras un incidente, debe salir con Momo y Ene a comprar comida de conejo.
Momo y Shintaro salen en busca de Hibiya y Hiyori; mientras dejan a Ene cuidando la casa, ella descubre que Konoha ha noqueado a unos criminales en el centro comercial. Momo deja atrás a Shintaro, que es encontrado por Kido, entonces Ene aparece en el teléfono de Shintaro. Luego de hablar, Ene y Shintaro se enteran de que Kido también busca a Hiyori y Hibiya.
Momo se encuentra con Konoha y Kano, que dicen pertenecer a una organización secreta.
Shuuya Kano se presenta a él y a Konoha como parte de una organización secreta frente a Momo Kisaragi, quien al no entender la situación se altera y activa su habilidad de cautivar la mirada y comienza a atraer la atención de las personas. Momo se lleva a Hibiya Amamiya consigo y comienza a huir de Kano y Konoha con una multitud tras ella.
Tsubomi Kido se encuentra con Shuuya Kano y Konoha tras la huida de Hibiya Amamiya. Mientras tanto, Shintaro y Momo Kisaragi se llevan a Hibiya a su casa para después reportar a Hiyori Asahina como desaparecida. Kano aparece frente a ellos y les dice que tiene una invitación para ellos.
Kousuke Seto es incapaz de controlar sus poderes, por lo que al leer los pensamientos ajenos, se molesta y huye. Al encontrarse perdido en el bosque, comienza a hablar con animales, a quienes les explica que no les hará daño. Los animales guían a Seto hacia un "monstruo" que tiene los ojos rojos tal como él.
Mientras Hibiya ha decidido irse por su cuenta, sin Konoha, este va a hablar con Kido. Ambos platican sobre la desaparición de Hiyori, en lo que Kido explica también el funcionamiento del Kagerou Daze y los motivos que le llevan a pensar que Hiyori está allí atrapada. Hibiya, que se encuentra en un parque tratando de recordar, se encuentra con alguien que se autodenomina 'monstruo'.
Ayano se presenta frente a Hibiya y se hace llamar 'monstruo' debido a sus ojos rojos, y le hace saber que él también es uno, pues comparten dicha peculiaridad. Ayano comienza a contarle acerca de la 'primera heroína'; aquella que creó el Kagerou Daze.
Una desconocida criatura, incluso para si misma, despierta en algún lugar preguntándose qué es. Sin saber exactamente qué sucede, comienza a ser atacada por unos humanos, quienes la llaman 'monstruo' e intentan, al parecer, matarla.